المجلس الأعلى هو السلطة العليا في الرابطة التي تعتمد كافة الخطط التي تتبناها الأمانة العامة للرابطة.
ويتكون المجلس الأعلى لرابطة العالم الإسلامي من (60) عضوا؛ من الشخصيات الإسلامية المرموقة، يمثلون الشعوب والأقليات المسلمة ويعينون بقرار من المجلس .
ويشترط في المرشح لعضوية المجلس الأعلى أن يكون من الدعاة إلى الله ممن له نشاط مشهود في العمل الإسلامي .
ويجتمع المجـلس دوريــا لاتخـاذ القرارات فيمــا يــعرض عـليه مـن البحـوث والقضايـا التي تقـدمها الأمانة العامة للرابطة، أو يقدمها ثلاثة من أعضاء المجلس واتخـاذ قرارات بشأنهـا، وذلك فيما يتعلق بمسيرة نشاط الرابطة لتحقيق أهدافها وتقديم النصح والتوصيات والمشورة للدول، والجماعات التي تحتاج إليها في خدمة الإسلام والمسلمين ، والعمـل في المجـلس الأعلى تطــوعي، لا يتقاضى أعضاؤه عنــه راتبا ولا مكافأة .
يرأس المجلس الأعلى للرابطة: مفتي عام المملكة العربية السعودية ورئيس هيئة كبار العلماء سماحة الشيخ عبد العزيز بن عبد الله آل الشيخ
نائب رئيس المجلس الأعلى للرابطة: الأمين العام لرابطة العالم الإسلامي وعضو هيئة كبار العلماء الشيخ الدكتور محمد بن عبدالكريم العيسى
