شورای عالی، بالاترین مرجع تصمیم‌گیری در سازمان است که کلیه‌ی برنامه‌ها و طرح‌های پیشنهادشده از سوی دبیرخانه‌ی کل را تصویب می‌کند.
شورای عالی سازمان همبستگی جهان اسلام از ۶۰ عضو تشکیل شده است که همگی از شخصیت‌های برجسته‌ی اسلامی‌اند و نمایندگی ملت‌ها و اقلیت‌های مسلمان را برعهده دارند. این اعضا با تصمیم رسمی شورا منصوب می‌شوند.
شرط اصلی عضویت در این شورا، آن است که فرد از دعوت‌گران به سوی خداوند باشد و فعالیت برجسته‌ای در حوزه‌ی کار اسلامی از خود نشان داده باشد.
این شورا به‌طور منظم تشکیل جلسه می‌دهد تا درباره‌ی پژوهش‌ها و مسائل ارائه‌شده از سوی دبیرخانه‌ی کل یا سه نفر از اعضا تصمیم‌گیری کند.
همچنین، مسیر فعالیت‌های سازمان را ارزیابی کرده و پیشنهادها و توصیه‌هایی به کشورها، گروه‌ها و نهادهایی که در مسیر خدمت به اسلام و مسلمانان نیازمند مشورت‌اند، ارائه می‌دهد.
شایان ذکر است که عضویت در این شورا داوطلبانه است و اعضا هیچ حقوق یا پاداشی بابت آن دریافت نمی‌کنند.
ریاست شورای عالی سازمان همبستگی جهان اسلام
ریاست شورای عالی آن بر عهده‌ی جناب حجت الاسلام شیخ عبدالعزیز بن عبدالله آل‌الشیخ، مفتی اعظم مملکت عربستان سعودی و رئیس هیئت علمای ارشد کشور می‌باشد.
نایب‌رئیس شورای عالی نیز «جناب آقای دکتر شیخ محمد بن عبدالكریم العيسى»، دبیرکل سازمان همبستگی جهان اسلام و عضو انجمن علمای ارشد است.
