En avril 2017 : cheikh Mohammed Alissa, a reçu la plus haute distinction honorifique du Royaume de Malaisie (Chevalier de l’État) avec le plus haut titre : « Dato’ Sri », en reconnaissance de ses efforts pour la promotion de la modération, lors d’une grande cérémonie honorée par la présence du Sultan.
En septembre 2019 : le Collège des Bernardins en France, le plus ancien et le plus prestigieux établissement officiel dans sa spécialité, a décerné sa médaille à cheikh Mohammed Alissa,en reconnaissance de ses efforts pour la promotion de la paix et de la solidarité.